转录组/宏转录组测序

宏转录组测序

技术简介

宏转录组 (Metatranscriptomics) 是指从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律,它以生态环境中的全部 RNA 为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。相较于宏基因组,宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。

技术路线

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送样建议

浓度 (Qubit)体积总量完整性
≥100ng/μL≥50μL≥5μgRNA无降解, 无基因组污染,无蛋白和杂质污染,OD260/280≥1.8,23S/16S≥1,RIN≥6

技术参数

宏转录组测序测序策略数据量周期

HiSeq4000 PE150

5~10Gb data60个自然日

案例分析

宏转录组揭示浮游植物与海洋细菌之间的相互作用[1]

研究背景            

遍布世界海洋、结构复杂的单细胞藻类——硅藻会在一种细菌存在时以更快的速度生长,这一细菌能够释放一种已知的可以加速陆地植物生长的激素

研究目的

通过宏转录组和代谢组学探索这一现象发生机制。

研究结果

研究证实这些细菌与硅藻发生物质交换,转而生成了一种由生活在陆地植物根部周围的微生物生成的激素,进而促使硅藻生长加速。

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图1.多菌体的进化系统

参考文献

[1].  Amin, S. A. et al.. Interaction and signalling between a cosmopolitan phytoplankton and associated bacteria. Nature 522, 98-101, doi:10.1038/nature14488 (2015).

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