SNP位点验证服务/目标区域捕获

目标区域捕获

技术简介

Target-seq是指通过多重PCR方法对目标区域进行富集,结合高通量测序和生物信息方法对目标区域进行序列测定和分析的一种技术。

检测原理

送样要求

浓度 (Qubit)

体积

总量

DNA 片段

≥40 ng/μL

≥20 μL

≥0.8 μg

DNA 无降解

注:区域>10K,每增加10K,体积增加10uL

技术参数

目标区域测序

(≤200K

测序策略

数据量

周期

检出率

HiSeq4000 PE150

1000X

65个自然日

95%

技术优势

1)信息量大:可以完整覆盖整个基因组序列,获得高频SNP的分型数据,以及发现个体特有的变异。

2)针对性强:可针对几Kb-200 Kb的基因连续区间,外显子靶标以及客户指定位点进行一次性捕获。

3)成本较低:对数百个样品进行混样建库,大大降低了研究成本。

4)效率极高:比起使用Sanger法的候选基因测序方法,基于二代测序技术的目标区域测序更加快速、精确、高效。

5)适用范围广:Target-seq可针对有参物种DNA样本进行检测,有效替代芯片检测。

案例分析

基于目标区域验证检测HLA-DRB1多态性与皮肤肌炎的遗传联系[1]

研究背景

人白细胞抗原(HLA)的遗传变异在皮肤肌炎(DM)发病机制中起着重要作用,本研究的目的是调查中国HLA IIDM患者与DM的关系。

研究方法

在中日友好医院随机抽取224例糖尿病患者和300例健康对照者。采用测序技术对HLA-DRB1等位基因进行高分辨率分型,采用PCR序列特异性引物(SSP)测定HLA-DQA1HLA-DQB1等位基因。

研究结果

研究结果表明,HLA-DRB1*09:01HLA-DRB1*12:01等位基因可能导致中国汉族人群成人DM的易感性。此外,具有抗黑色素瘤鉴别相关基因5 (anti-MDA5)DM患者HLA-DRB1*12:01的频率明显高于不具有anti-MDA5的患者。,因此推断HLA-DRB1*12:01基因型与DM患者anti-MDA5抗体存在显著相关。

参考文献

Jinming Lin, Yongbiao Zhang, Qinglin Peng, et al. Genetic Association of HLA-DRB1 Multiple Polymorphisms with Dermatomyositis in Chinese Population[J]. HLA. 2017, 90(6):354-359

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