SNP位点验证服务/质谱_SNP检测

质谱_SNP检测

技术简介

质谱SNP分型技术即是将 PCR 技术与质谱相结合,利用质谱分析对质量灵敏度高的特点,对待检SNP实现高精度分型。

检测原理

送样建议

浓度 (Qubit)

体积

总量

DNA 片段

≥40 ng/μL

≥20 μL

≥0.8μg

DNA 无降解

注:SNP位点数>50个,每增加50个位点,体积增加10uL

技术参数

质谱_SNP检测10<SNP位点<30

测序策略

反应重数

周期

检出率

Mass ARRAY

30X

30个自然日

95%

技术优势

1)通量高、速度快:PCR反应重数可达30重,大大节省了检测时间;运用384板进行检测,每天最多可实现多达50000SNP的基因分型高通量筛选。

2)成本低:质谱SNP检测对于大样本、多位点SNP的检测,检测成本要远远低于Sanger检测。

3)准确性高:MALDI-TOF平台进行检测检出率达95%,准确率98%以上。

3)灵活、简单:可根据客户需求对SNP位点的检测进行巧妙组合,MALDI-TOF平台能够自动完成多个实验环节,操作简单并且保证了实验结果的可重复性。

案例分析

基于多重基因分型及质谱检测疾病候选基因[1]

研究背景

复杂疾病通常由多种导致疾病易感性的常见遗传变异支撑。该研究描述了一种成本有效的标签单核苷酸多态性(SNP)方法,使用多重基因分型测定与质谱,以研究临床队列中的基因途径关联。

研究方法

研究以食物过敏候选基因座白细胞介素13IL13)为例进行了研究。聚合酶链反应(PCR)用于扩增靶基因座,然后是单核苷酸延伸,之后使用基质辅助激光解吸/电离-飞行时间(MALDI-TOF)质谱法测量扩增子。使用基因型调用软件分析原始输出,使用严格的质量控制定义和截止值,确定高概率基因型并输出用于数据分析。

研究结果

该方法通过利用区域内的共享连锁不平衡(LD)有效地最大化覆盖,然后将选定的LD SNP进行多重测定,使得可以同时分析多达40种不同的SNP,从而提高成本效益。

1 IL13 SNP rs1295686的笛卡尔聚类图

参考文献

Ashley SE, Meyer BA, Ellis JA, et al. Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry[J]. J Vis Exp. 2018, (136).

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