基因组测序/人目标区域测序

人目标区域测序

技术简介

目标区域测序是利用高通量测序技术对目标基因进行测序。对大量样本进行目标区域研究,可以发现和验证疾病相关候选基因或相关位点,在临床诊断、用药指导和药物开发方面有着巨大的应用潜力。

技术路线

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送样建议

浓度 (Qubit)体积总量DNA 片段
≥20 ng/μL≥30 μL≥0.5 μgDNA 无降解





技术参数

目标区域测序测序策略数据量周期

HiSeq4000 PE150

200X45个自然日





案例分析

全新的ctDNA检测技术:癌症个体化深度测序分析方法(CAPP-Seq)[1]


研究背景            

癌症个体化深度测序分析方法 (CAPP-Seq),对非小细胞肺癌 (NSCLC )的 ctDNA 检测结果灵敏度高,特异性强且经济可行。

研究目的

利用定制化的 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library 作为"筛选器" (selector) 对样本进行靶向捕获后再进行深度测序。

研究结果

研究者从肿瘤基因突变数据库 (COSMIC) 等来源找出与 NSCLC 复发突变相关的外显子,再对来自肿瘤基因图谱 (The Cancer Genome Atlas数据库的 407  NSCLC 患者全基因组测序结果进行筛选,并应用迭代算法使筛选出的区域在充分覆盖每个样本的错义突变的同时尽可能的精简。罗氏 NimbleGen 根据以上区域定制了 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library  靶向序列捕获产品作为本次 CAPP-Seq 的"筛选器",包含了 139 个相关基因的 521 个外显子和 13 个内含子,共约 125kb。 NimbleGen "筛选器"有效的把测序区段浓缩到整个基因组大小的 0.004%, 使得后续超高深度测序得以实现。

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图1. CAPP-Seq 灵敏性和特异性分析

参考文献

[1]. Aaron M. Newman1, Scott V. Bratman1, Jacqueline To,etc. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med,(2014).

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