转录组/LncRNA 测序

LncRNA 测序

技术简介

长链非编码RNA (long non-coding RNA) 是一类长度大于 200nt,且不编码蛋白质的 RNA,广泛存在于生物体内。Lnc-RNA 测序采用去除 rRNA 的建库方法,并依托高通量测序技术,一次性获得单碱基分辨率的特定组织或细胞在特定阶段的所有 mRNA 和lncRNA,研究 lncRNA 在转录以及转录后等方面对基因表达的调控作用。

技术路线

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送样建议

浓度   (Qubit)

体积

总量

完整性及纯度

40   ng/μL

≥50μL

≥2 μg

RIN≥6.528S/18S≥1.0;基线平整,5S峰正常;无DNA,蛋白,盐离子等污染

技术参数

 

 

测序策略

数据量

周期

LncRNA测序

HiSeq4000, PE150

12G clean data

60个自然日

案例分析

Lnc RNA 表达谱揭示肠道组织微生物群的分子特征[1]

研究背景            

肠道微生物群可以影响宿主的生理、代谢、营养和免疫力而被称为隐藏的器官。肠道微生物群的形成主要由于环境和基因效应的作用,以前的研究焦点在于编码蛋白的基因,而长链非编码与肠道微生物群之间的联系很少有报道。

研究目的

通过外显子芯片技术和 Lnc RNA 表达谱技术探索肠道微生物群形成过程中 Lnc RNA 表达之间的关系。

研究结果

成功鉴定出传统小鼠和无菌小鼠之间 Lnc RNA 表达差异,研究证明在肠道中的不同的微生物群其 Lnc RNA 表达谱不一样。

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图1.共生的微生物群,大肠杆菌(大肠杆菌),或大肠杆菌表达胆汁盐水解酶(E.coli-BSH)调节的 lncRNAs图谱以及传统和无菌小鼠之间LncRNA差异表达

参考文献

[1]. Liang, L. et al. Long noncoding RNA expression profiles in gut tissues constitute molecular signatures that reflect the types of microbes. Sci Rep, 2015, 5:11763, doi:10.1038/srep11763.

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