转录组/Small RNA 测序

Small RNA 测序

技术简介

Small RNA是体内一种重要的调节分子,主要包括microRNA、siRNA(small interfering RNA)、piRNA(piwi-interacting RNA)三类。 其主要功能是诱导基因沉默,参与转录后调控等,从而控制细胞生长和分化、个体发育等生物学过程。Small RNA测序采用胶分离手段,收集样品中 18-30nt  RNA 片段,基于高通量测序平台,研究特定组织在特定状态下的所有已知 Small RNA,也可发现物种或组织特异 Small RNA 并预测其靶基因,为研究 Small RNA 的功能及基因调控机制提供了有力工具。

技术路线

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送样建议

物种

浓度 (Qubit)

总量

完整性及纯度

植物/真菌Total RNA

≥50   ng/μL

≥3   μg

RIN≥7.528S/18S≥1.3;基线平整,5S峰正常;无DNA,蛋白,盐离子等污染

动物Total RNA

≥50   ng/μL

≥3   μg

RIN≥8.028S/18S≥1.5基线平整,5S峰正常;无DNA,蛋白,盐离子等污染

原核生物 Total RNA

≥50   ng/μL

≥3   μg

RIN≥8.028S/18S≥1.5;基线平整,5S峰正常;无DNA,蛋白,盐离子等污染

技术参数

 

 

测序策略

数据量

周期

Small   RNA测序

HiSeq2500 SE50

10~20M   data

45 个工作日

案例分析

Small RNA 测序揭示三七根部发育过程中miRNA表达变化图谱[1]

研究背景            

三七中的三萜皂苷被认为是其发挥药效的主要生物活性物质,该物质的生物合成以及调节机制尚不清楚。

研究目的

通过 Small RNA 测序技术,探索三萜皂苷的生物合成及其调节机制。

研究结果

本文从1龄、2龄、3龄生的三七植株根部提取RNA, 构建3个 Small RNA 文库,利用高通量测序技术,研究了不同时期的miRNAs,构建了首个三七根部发育的 miRNA 图谱,并通过差异分析,找到了与萜类化合物生物合成相关的基因,促进了对三七根部皂苷类物质的 miRNA 调节机制研究。

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图1. 三七中miRNAs靶向聚类及其分布

参考文献

[1]. Wei, R.  et al.  Identification of novel and conserved microRNAs in Panax notoginseng roots by high-throughput sequencing. BMC Genomics, 2015, 16:835, doi:10.1186/s12864-015-2010-6.

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