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真核转录组测序

技术简介

      转录组即特定组织或细胞在某一功能状态下所有转录本的总和,包括 mRNA 和非编码 RNA(即Non-coding RNA,tRNA,rRNAs,microRNAs,piRNAs long ncRNAs 等)。转录组测序 (Transcriptome sequencing) 主要指通过高通量测序研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的 mRNA,可以用来研究基因结构和基因定量分析,并预测新转录本,是深入研究转录组复杂性的强大手段和工具。目前,转录组测序已经被广泛应用于动植物发育阶段的研究、优良品种基因的筛选和疾病治疗等。

 

技术路线

 

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送样建议

物种浓度 (Qubit)体积总量DNA 完整性
真菌 total RNA
≥2 0ng/μL15 μL-100 μL≥2 μg

RIN≥6.5 28S/18S≥1.0;

图谱基线无上抬,5S 峰正常

其他动、植物

total RNA

≥20 ng/μL1 5μL-100 μL≥2 μg

RIN≥6.5 28S/18S≥1.0;

图谱基线无上抬,5S 峰正常
原核 total RNA≥35 ng/μL15 μL-100 μL≥2 μg

RIN≥6.5 23/18S≥1.0;

图谱基线无上抬,5S 峰正常

 

技术参数

有参转录组测序测序策略数据量周期

HiSeq4000 PE150

6G clean date
45 个自然日

 

案例分析

研究背景              

可变剪切在植物的生长发育和应激反应中起着重要作用,对应的研究也很多,但关于生长发育和应激反应两者之间的相互作用还不是很透彻。

研究目的

通过转录组测序分析玉米的正常组和干旱组的种子、胚芽和胚乳等组织的可变剪切以及基因表达变化,探究植物生长发育和应激反应之间的相互作用。

研究结果

在已知基因中新发现 48000 个剪切形式,其中跟发育相关的可变剪切形式受到干旱胁迫的影响,且大部分发生在叶子和雌穗,而雄穗不受影响。在研究可变剪切相关基因的表达变化与对应基因的剪切事件相关性中,仅在正常组的各个发育阶段的剪切因子的基因表达与剪切时间呈线性关系,但在干旱组中,此相关性比较差。这些新的发现再次表明了可变剪切在玉米受干旱胁迫和生长发育中的重要作用。

 

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图1. 可变剪切相关基因表达与可变剪切事件变化

A图:各个组织中可变剪切相关基因的表达相关性。

B图:各个组织中可变剪切模式相关性。

参考文献

[1]. Thatcher SR, et al.  Genome-Wide Analysis of Alternative Splicing during Development and Drought Stress in Maize. Plant Physiol,(2015). 

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