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原核链特异性转录组测序

技术简介

原核链特异性转录组测序是对原核 Total RNA rRNA 后进行文库制备,采用高通量测序进行信息分析,可以确定转录本的边界以及一条转录本是来自正义链还是反义链,能更精确地统计转录本的数量,同时可以挖掘 non-coding RNA 的信息,这为研究基因的结构和表达调控功能提供了一个重要的手段,主要应用于功能基因的筛选、分子标记和药物靶点的筛选鉴定、药理与毒理学研究、生物代谢调控研究、疾病分型研究、siRNA 调控研究。

 

技术路线

 

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送样建议

浓度 (Qubit)体积总量完整性
≥35 ng/μL≥60 μL2 ng23S/16S≥1.0; 5S 峰正常

 

技术参数

原核链特异性转录组测序测序策略数据量周期

HiSeq4000 PE150

 45 个自然日

 

案例分析


转录组测序和萜类化合物检测结果揭示了桉树的害虫防御机制[1]

研究背景            

Xanthomonas campestris 能够感染十字花科的植物,引起黑腐病、叶枯病以及叶斑病等。

研究目的

通过基因组测序和转录组测序研究其致病分子机理。

研究结果

增加菌株基因组的测序深度,比较基因组显示在种水平上存在一个核心的 ORFeome,这核心的 type III effectome 仅仅限于三种type III的效应因子 (XopP、XopF1和XopAL1) 。在 Xanthomonas 中,效应蛋白由III型分泌系统注入植物细胞,有助于共同致病;为了进一步注释基因组进行了链特异性 RNA 测序,这种方法还允许新的基因和非编码 RNA 的转录实验的定义。

 

 

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                                                                     图1. 野油菜黄单胞菌属III型蛋白的多样性分析


 

参考文献

[1]. Roux, B. et al.. Genomics and transcriptomics of Xanthomonas campestris species challenge the concept of core type III effectome. BMC Genomics 16, 975, doi:10.1186/s12864-015-2190-0 (2015). 

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