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动植物基因组重测序

技术简介

动植物基因组重测序是在已知物种基因组的情况下,对物种内的不同个体进行基因组重测序分析的技术。利用该技术,可以在全基因组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异,寻找变异 (SNP、Indel、SV等) ,实现遗传进化分析和重要性状候选基因的筛选、预测。目前,全基因组重测序已经成为动植物育种和群体进化研究的重要方法。

样品要求

(1) 样品类型:无降解且无RNA污染的 DNA 样品;

(2) 样品需求量:≥2 μg

(3) 样品浓度:≥30 ng/μL

(4) 样品纯度:OD260/280=1.8~2.0。

技术参数

推荐数据量

简单基因组:SNP、Indel:>10x, SV: >30x,CNV:>30x,外源插入序列:>20x,服务周期:标准分析 15

信息分析

(1) 原始测序数据质量控制,包括去除接头污染,N 含量较多和低质量的 reads

(2) Clean data 与参考基因组比对分析;

(3) SNP、Indel、CNV、SV分析:检测、注释和统计。

高级信息分析

(1) 外源插入序列分析;

(2) 遗传图谱分析;

(3) BSA 性状定位分析;

(4) 全基因组关联分析;

(5) 群体进化分析。

案例分析

基因组重测序揭示达尔文雀嘴的进化[1]

研究背景            

生活在加拉巴哥群岛和科科斯群岛的达尔文雀是一种新物种形成的形象模型。

研究目的

通过全基因组重测序技术揭示达尔文雀进化过程中基因组差异变化。

研究结果

对120只达尔文雀进行全基因组重测序,系统进化分析揭示了达尔文雀的重要表型差异,并且发现种间基因流动与辐射相关。
                 

 

 

t37.png

图1.  基于所有的常染色体节点建立的达尔文雀进化树状图

参考文献

[1]. Lamichhaney, S. et al. Evolution of Darwin's finches and their beaks revealed by genome sequencing. Nature 518, 371-375, doi:10.1038/nature14181 (2015).

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