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真菌基因组重测序

技术简介

真菌基因组重测序是对已知的真菌基因组进行测序,并对个体或者群体样品进行分析,能够分析近源菌种之间的单核苷酸多态性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷贝数变异 (CNV) 等基因组变异类型。主要应用于通过比较基因组分析挖掘动植物病原真菌的关键致病因子、挖掘食用及药用真菌主要功能基因、通过大样本量的群体分析可得出物种进化规律、地理分布规律等。


技术路线

 

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送样建议

浓度 (Qubit)体积总量基因组完整性
≥50 ng/μL≥30 μL≥1.5 μgDNA无降解

 

技术参数

真菌基因组测序测序策略数据量周期

300bp小片段文库HiSeq4000 PE150

30X45个自然日

 

案例分析


基因组重测序技术揭示木质腐生蘑菇遗传多样性[1]

研究背景              

不同物种数量变化在于它们拥有的大量的遗传多样性。在真核细菌中普遍存在核酸多样性以及核酸结构不同的现象。以裂褶菌为例探索核酸多样性。

研究目的

通过全基因组测序技术研究裂褶菌核酸多样性特征。

研究结果

比较分析 24 个裂褶菌单倍体基因型 (12 来自美国,12 来自欧洲的俄罗斯),结果发现在美国同义位点的多样性为 0.13,在俄罗斯的同义位点的多样性是 0.20,异常高的核苷酸多样性水平,也导致蛋白氨基酸水平的多样性。利用 2 个母本和 17 个后代单倍体基因型的全基因组测序显示突变率是非常高的,达到了每代每个碱基的突变率为 2.0×10-8 。高的多样性是由其突变率升高引起的。

 

 

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图1. 裂褶菌基因多态性类型

 

参考文献

[1]. Baranova, M. A. et al. Extraordinary Genetic Diversity in a Wood Decay Mushroom. Mol Biol Evol 32, 2775-2783, doi:10.1093/molbev/msv153 (2015). 

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