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细菌基因组重测序

技术简介

      细菌基因组重测序是对已有参考基因组信息的细菌进行基因组水平的再测序,并对个体或者群体样品进行生物信息学分析,能够分析近源菌种之间的单核苷酸多态性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷贝数变异  (CNV)等基因组水平变异类型,为筛选菌株的优良性状,菌株抗药性等研究提供指导与依据。

 

技术路线

 

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送样建议

浓度 (Qubit)体积总量基因组完整性
≥50 ng/μL≥30 μL≥20 μgDNA 无降解

 

技术参数

细菌重测序测序策略数据量周期

300bp 小片段文库HiSeq4000 PE150

100X45个自然日

 

案例分析

细菌全基因组重测序阐述引起大肠杆菌自发突变的因制[1]

研究背景                

完全了解一个进化过程需要自发突变率,光谱识别以及物种特征三个因素。根据累积突变可以计算出每一代基因组的突变率。

研究目的

通过全基因组重测序技术研究进化过程中自发突变效应影响。

研究结果

在三株大不相同的不同仅仅达到 50%,这也就说明了每一代基因组中的突变率是 1–2×10−3 。四个因素决定了自发突变的发生:自身 DNA 聚合酶缺陷,内源性诱导 DNA 损伤,外源性药物诱导 DNA 损伤,易错聚合酶激活。

 

 

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图1. DNA修复缺陷的大肠杆菌碱基替换率

 

参考文献

[1]Foster, P. L., Lee, H., Popodi, E., Townes, J. P. & Tang, H. Determinants of spontaneous mutation in the bacterium Escherichia coli as revealed by whole-genome sequencing. Proc Natl Acad Sci U S A 112, E5990-5999, doi:10.1073/pnas.1512136112 (2015).

 

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