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宏基因组测序


技术简介 

宏基因组( Metagenome,也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组)是 1998 年由 Handelsman 等提出的,是环境中全部微小生物遗传物质的总和,它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因,目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法,主要应用于群落结构分析、环境中的基因功能分析、以及发掘新物种。


技术路线


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送样建议


浓度(Qubit体积总量基因组完整性
≥50ng / μL≥35 μL≥1.5 μgDNA 无降解


 


技术参数


宏基因组测序测序策略数据量周期

270bp 小片段文库 HiSeq4000 PE150

5~10G raw data45 个自然日



 

案例分析  


研究背景 

阿古拉斯环提供海水循环从印度太平洋到大西洋盆地的主要途径。它们对全球海洋环流的影响是众所周知的,但它们的影响在浮游生物运输中的作用并未阐述清楚。


研究目的

解析阿古拉斯环的环境特征对浮游生物的影响。


研究结果

对海水利用不同孔径的滤膜进行过滤,分为四个部分 0.2-3.0 微米、5-8 微米、20-180 微米和 180-2000 微米,  对这四个部分进行宏基因组的测序分析,结果显示南大西洋与印度洋的浮游生物的多样性不同,通过对轻厄加勒斯环采样的实时采样表明,强垂直混合驱动复杂的氮  循环,塑造成了群落代谢和生物地球化学的特征,但是在阿古拉斯环内部是另外一种机制,这种环境限制了印度洋的浮游生物类群向大西洋的扩散。

参考文献

[1]. Villar, E. et al. Ocean   plankton. Environmental characteristics of Agulhas rings affect   interocean plankton transport. Science 348, 1261447,   doi:10.1126/science.1261447 (2015).

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