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Mass spectrometry

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蛋白组学

技术简介

 蛋白质组学(proteomics),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。包括蛋白质的表达水平,翻译后的修饰,蛋白与蛋白相互作用等,基于质谱平台(LC-MS/MS)获得蛋白质水平上的关于疾病发生,细胞代谢等过程的整体而全面的认识。



技术路线

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样品要求

1、蛋白质定性

    双向凝胶胶点:考染、银染(质谱兼容)点清晰可见; 

    SDS-PAGE胶条:考染、银染(质谱兼容)条带清晰可见,单一蛋白质,纯度>90% ; 

    蛋白质溶液:单一蛋白质,纯度>90%。

2、蛋白质定量

1)蛋白质提取物:浓度 >1μg/μl;蛋白质总量 >500μg;

2)细胞样品:细胞量>107;

3)组织样品:浓度 >1μg/μl;蛋白质总量 >500μg;

4)体液样品:血液>500μl;尿液>10ml;唾液>1ml;

 

信息分析

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案例分析

基于DIA技术探索人前列腺癌对放射治疗的癌蛋白组学反应[1]

研究背景            

全球每年有超过30万人因患有前列腺癌(PCa)死亡,放射治疗(RT)的前列腺癌(PCa)中放射抗性的发展是一个重要的临床问题。

研究目的

对放射治疗之前和之后14天的8名患者进行取样,采用数据独立的采集质谱(DIA-MS)实现定量蛋白质分析,以表征人类前列腺癌对原位辐射的蛋白质组学反应。

研究结果

通过蛋白质组学分析(DIA),共获得5,660个蛋白质的平均覆盖率,在辐射后观察到有49种对于前列腺癌组织表现出高水平异质性的差异显著的蛋白。该研究揭示了三种免疫途径的活化蛋白级联的富集:体液免疫应答,白细胞介导的免疫和补体激活。在这项前瞻性研究中,建立了一个灵敏可靠的癌症组织途径,用于分析新鲜和福尔马林固定的人类 PCa 组织,并且确定了已知具有辐射反应性的多种代谢通路,该信息可能有益于个性化疗法和潜在的预测性生物标志物的发展。
                             


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图1. 基于共享本体组的蛋白质候选物的线索GO / Cytoscape分析

参考文献

[1]. Keam S P, Gulati T, Gamell C, et al. Exploring the oncoproteomic response of human prostate cancer to therapeutic radiation using data-independent acquisition (DIA) mass spectrometry[J]. Prostate, 2018, 78(8).


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